Бывший суперзлодей Мегамозг, ставший на путь исправления и даже получивший звание героя, сталкивается с неожиданным испытанием. В Метро-Сити внезапно объявляется его старая команда приспешников — печально известный Синдикат Рока. Теперь Мегамозгу предстоит сделать окончательный выбор: вернуться к прошлой жизни или доказать всем, что его преображение искренне, встав на защиту города от своих бывших соратников.