Виртуальная сеть Link Vrains, созданная для популярной игры «Дуэльные монстры», стала местом новой угрозы. Пять лет назад хакерская группа «Рыцари Ханоя» пыталась уничтожить в ней программу искусственного интеллекта Cyberse, но потерпела неудачу. Сами создатели исчезли, а таинственный ИИ был надёжно спрятан в глубинах системы. Теперь обычный старшеклассник Юсаку Фудзики, участвуя в очередной сетевой дуэли, неожиданно сталкивается с этой странной и могущественной программой, что меняет его жизнь навсегда.