История разворачивается в двух временных линиях: в 2008 году, где живет юный Ватару, и в 1986-м, где действует его отец Отойя. Несмотря на разделяющие их годы, у них общая судьба и главная цель — противостоять угрозе Фангай, таинственных существ из мира тьмы. Каждый из них становится Каменом Райдером Кивой, чтобы сражаться с этой опасностью, и их пути неожиданно переплетаются, раскрывая семейные тайны и связь между прошлым и будущим.