После переворота злобный доктор Роботник изгнал королеву Алину, вынудив её разлучить и спрятать своих детей-ежей — Соника, Мэника и Соню. Повзрослев, братья и сестра создали рок-группу «Соник Андерграунд» и отправились на поиски матери. Согласно древнему пророчеству, только воссоединившись, королевская семья сможет противостоять тирании Роботника и вернуть свободу своему миру.