Во время рутинной миссии по поимке хорька на Наруто, Сакуру и Сикамару нападают таинственные ниндзя. Разлученный с друзьями, Наруто обнаруживает следы древней исчезнувшей цивилизации и сталкивается с силой, совершенно отличной от привычной чакры. Воссоединившись с товарищами, юный шиноби оказывается в эпицентре событий, от которых теперь зависит судьба всего мира.