Большой Барьерный риф. Марлин, рыба-клоун, который остался один с сыном Немо после того, как акула утащила его жену и почти всю икру. Он воспитывает мальчика в одиночку и постоянно его опекает. Немо растёт любопытным и хочет доказать отцу, что уже взрослый. В итоге он уплывает в открытый океан и попадает в беду. Его ловит аквалангист и увозит в Сидней. Марлин, хоть и труслив от природы, отправляется в долгое путешествие, чтобы вернуть сына домой.