В новом мире, созданном Мадокой, ведьмы исчезли, но человеческое отчаяние по-прежнему порождает опасных призраков. С ними вынуждены сражаться юные волшебницы. Хомура, живущая в этой реальности, продолжает нести бремя одиночества и тоски по подруге, с которой её разлучила судьба. Её внутренняя борьба и верность воспоминаниям становятся центральной темой этой истории, где магия оборачивается личной драмой и проверкой на прочность.