Профессор Ксавьер распустил свою команду, но новая угроза заставляет мутантов вновь объединиться. Тревожный сигнал из Японии указывает на исчезновение юной мутантки Хисако, за которым кроется зловещий заговор, способный повлиять на судьбы всего мира. Циклоп, Шторм, Зверь и Росомаха отправляются в регион Тохоку на своём иксоплане, чтобы противостоять опасности, которая оказывается куда серьёзнее, чем предполагалось изначально.